Facturation électronique et problème au démarrage : comment prouver sa bonne foi ?

Une tolérance, mais pas un report de la réforme

L'administration rappelle que le calendrier de la réforme demeure inchangé. Les entreprises soumises à l'obligation doivent entrer dans le dispositif à compter du 1er septembre 2026. A cette date, toutes les entreprises doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques. L’obligation d’émission ne concernera alors que les  En revanche, pendant la phase de démarrage, les difficultés techniques ou organisationnelles ne donneront pas lieu à une application automatique des sanctions.

Cette bienveillance ne bénéficie toutefois qu'aux entreprises capables de démontrer qu'elles suivent une trajectoire sérieuse de mise en conformité. Autrement dit, la tolérance vise les difficultés réelles de démarrage, et non les situations d'inertie, d'évitement ou de refus durable d'appliquer la réforme. Une précision qui semble très utile actuellement dans la dernière ligne droite avant l'entrée en vigueur du dispositif. En effet, des retards sont redoutés, de nombreuses petites structures vont mettre en oeuvre l'obligation pendant ces dernières semaines créant ainsi une vague de demandes importantes difficiles à traiter pour les plateformes agréées.

Une trajectoire de mise en conformité doit être concrète

L'administration appréciera les efforts réellement engagés. Il n'est pas exigé que l'ensemble du dispositif soit parfaitement opérationnel dès le premier jour, mais l'entreprise doit pouvoir justifier qu'elle a identifié ses obligations, lancé les actions nécessaires et traité les difficultés rencontrées.

En cas de contrôle ou de sollicitation de l'administration, il conviendra notamment d'expliquer la nature des difficultés rencontrées, les flux concernés, les mesures transitoires mises en place ainsi que le calendrier prévisionnel de retour à un fonctionnement normal.

À l'inverse, une simple déclaration d'intention ne suffira pas à caractériser la bonne foi de l'entreprise.

Les preuves à conserver

Le guide pratique recommande de conserver un dossier retraçant les démarches accomplies. Les éléments suivants sont notamment cités :

Extrait Facturation électronique : guide pratique de démarrage au 1er septembre 2026, fiche n°27

• le choix ou la contractualisation d’une plateforme agréée ;

• les échanges avec l’éditeur, l’expert-comptable, la banque, la plateforme ou le prestataire technique ;

• le calendrier de raccordement, de paramétrage ou de déploiement ;

• l’identification des flux déjà traités par voie électronique et de ceux qui restent à stabiliser ;

• les tests réalisés ou programmés ;

• les tickets support, messages d’erreur ou notifications d’incident ;

• les mesures transitoires retenues pour assurer la continuité de l’activité ;

• les actions prévues pour régulariser les factures ou données qui n’ont pas pu suivre immédiatement le circuit attendu ;

• les consignes internes données aux équipes chargées de la facturation, de la comptabilité ou du paiement.

Plus largement, l'entreprise a également intérêt à conserver les éléments démontrant les tentatives d'émission des factures électroniques, les échanges avec ses partenaires ou prestataires ainsi que les justificatifs des régularisations effectuées.

En pratique, plus le dossier sera daté, documenté et cohérent, plus il sera facile de démontrer la bonne foi de l'entreprise. L'objectif est de permettre à l'administration de distinguer une difficulté réelle de démarrage d'un défaut de préparation ou d'un refus de se conformer aux nouvelles obligations.

Contrôles de l'administration : le dialogue avant la sanction

En cas de difficulté importante ou de non-conformité apparente, l'administration pourra prendre contact avec l'entreprise afin de comprendre la situation et d'apprécier les démarches engagées. Celle-ci devra être en mesure de présenter un dossier complet expliquant les difficultés rencontrées, les actions entreprises auprès de ses prestataires, les mesures transitoires mises en œuvre et le calendrier de retour à un fonctionnement normal. En revanche, il n'est pas demandé aux entreprises de signaler spontanément chaque incident ponctuel ou chaque rejet rapidement corrigé.

Si les textes prévoient bien des sanctions en cas de manquement aux obligations de facturation électronique, l'administration précise qu'elles ne seront pas appliquées de manière immédiate, automatique ou systématique lorsqu'une entreprise rencontre une difficulté réelle, documentée et suivie d'actions correctrices. En revanche, cette bienveillance ne couvrira pas les comportements consistant à ignorer durablement la réforme, à ne pas engager de démarche de mise en conformité ou à maintenir volontairement des circuits parallèles sans régularisation. En définitive, la qualité de la documentation conservée constituera l'un des principaux critères permettant de démontrer la bonne foi de l'entreprise et d'écarter le risque de sanction.

Source : Guide pratique de démarrage de la facturation électronique